Az új évezred több szempontból is rosszul kezdődik Michael Jackson számára. Le kell mondania a Milleniumra tervezett 2 koncertjét, mivel a hatóságok nem engedték felszállni repülőgépét. A sajtó továbbra is rengeteget foglalkozik vele, sajnos továbbra is meglehetősen negatív hangnemben.
2001-ben megjelent új nagylemeze, az "Invincible" nem éri el a várt sikereket, mivel Jackson kiadója, a "Sony Music Entertainment" szabotálja az album promóciáját. Ez késöbb ellenakcióra serkenti a Pop Királyát, aki 2002. júliusában rasszistának nevezi a cég vezetőjét.
Miután rendeződni látszik kapcsolata a Sonyval, magánéletében keletkeznek problémák. 2002 végén pert indítanak ellene a két elmaradt koncert miatt, amiben 5.4 millió dollár megfizetésére kötelezik, majd azzal vádolják meg, hogy egy berlini hotel ablakából majdnem kiejtette harmadik gyermekét, Prince Michael II-t. Holott valójában a sztár biztosan fogta a gyereket karjaiban.
2003. a fordulat éve. Februárban bemutatják a "Living With Michael Jackson" című dokumentumfilmet, amelynek hatására újabb botrány kerekedik Jackson körül, a sajtó felmelegíti a 93-as esetet.
Ezzel egy időben a sztár komoly változásokra szánja el magát, lecseréli embereit, új szóvívőt alkalmaz, aki folyamatosan megcáfolja a pletykákat. Elkészül a "Take 2: The Footage You Were Never Meant To See" című dokumentumfilm, amely visszavágó a "Living With Michael Jackson"-ra a Jackson csapat részéről. Késöbb bemutatják a "Michael Jackson's Private Home Movies"-t, amelynek szintén nem titkolt célja a Pop Királyáról kialakult kép javítása.
Az év elején felhalmozódó perekből nyárra csak kettő marad, valamint Jackson ügyesen megússza, hogy le kelljen bontania pár épületet otthonában. A sztár lemezeladásai megugranak, júniusban haza látogat, júliusban partyt szerveznek Joe-nak otthonában, augusztusban, pedig együtt ünnepli születésnapját a rajongókkal. Szeptemberben jótékonysági partyt tart Neverlanden, ahol többek között Mike Tyson és Ashanti is megjelenik. Emberei megegyeznek a Sonyval, aminek következményeként Jackson két válogatás album kiadása után elhagyja a kiadót.
Amikor már minden kezdett jobbra fordulni, 2003. november 18-án újabb vádaskodásokat indítanak ellene egy akkor 12 éves fiú állitólagos szexuális zaklatása miatt. Jacksont bilincsbe verve szállítják be a sheriff irodájába, ahonnan 3 millió dolláros óvadékkal szabadulva várja a 2005. január 31-én kezdődő perét. Az addig eltelt időben a sajtó teljesen tönkretette a sztárt, hazugságokat állítva róla. Amikor azonban elkezdődött a per, és megjelentek az első tények, az ügy megitélése teljes fordulatot vett, majd minden vádpontban felmentették Michaelt.